Từ đầu năm 2003, Phát ký hợp đồng vận chuyển xăng dầu với Công ty Xăng dầu khu vực 2 và Công ty xăng dầu Long An về các khu công nghiệp Đồng Nai.
Sau khi nhận hàng từ các kho Nhà Bè, Phát chỉ đạo cho tài xế đánh xe vào bãi xe của công ty (ấp 3, Phú Xuân, Nhà Bè, TP.HCM), tiến hành mở nắp bồn để hút 1.000 - 2.000 lít/xe.
Sau đó, Phát cho bơm một lượng nước tương ứng vào bồn để pha trộn. Cho đến cuối năm 2007, Phát và đồng bọn đã ăn cắp trên 3,1 triệu lít dầu F.O (dầu ma zút), gây thiệt hại trên 16,5 tỉ đồng.
Với "sáng kiến" trên, ngày 24.4, Nguyễn Văn Phát và 7 đồng phạm khác đã bị Cơ quan điều tra công an Đồng Nai đề nghị truy tố về tội "lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản".