Theo lời một lãnh đạo Bộ GD-ĐT thì đề án kì thi THPT Quốc gia đã chuẩn bị khá kỹ và đã được các Bộ, Ban ngành, Các sở GD-ĐT, các trường ĐH góp ý kiến. Bên cạnh đó Bộ cũng đã nhiều lần công bố dự thảo đề án để lấy ý kiến công khai.
Tuy nhiên điều kiện để thực hiện đề án này chưa chín muồi, chính vì vậy năm 2009 sẽ vẫn tiếp tục tổ chức hai kì thi. Cụ thể, kì thi tốt nghiệp THPT sẽ tổ chức nghiêm túc hơn còn kì thi tuyển sinh ĐH, CĐ sẽ đảm bảo chất lượng cao hơn.
Để đảm bảo các kì thi chất lượng hơn thì trong tất cả các khâu từ khâu đề thi đến khâu tổ chức thi, chấm thi và xét tuyển sẽ được cải tiến để rồi dần dần từng bước tạo quyền tự chủ cho các trường ĐH, CĐ trong vấn đề tuyển sinh nhưng vẫn phải đảm bảo được chất lượng nguồn nhân lực của cấp Quốc gia.