Phó thủ tướng cho rằng: Mặc dù Đại học Quốc gia Hà Nội và hai tỉnh Hà Tây, Hòa Bình đã có những nỗ lực vượt bậc và đạt kết quả đáng ghi nhận trong việc hoàn thành dự án quy hoạch chi tiết, tiến độ giải phóng mặt bằng có chiều hướng tích cực nhưng trong 8 năm tới không thể tiếp tục với cách làm cũ, luôn lúng túng và thiếu chuyên nghiệp trong tất cả các khâu. Thay vì để các giáo sư, các thầy cô của Đại học Quốc gia Hà Nội phải loay hoay với công việc xa lạ với chuyên môn của mình là tiến hành một dự án xây dựng quá lớn, thì gian tới nên giao dự án cho một tổng công ty hoặc một tập đoàn xây dựng mạnh làm tổng thầu; để các giáo sư dành thời gian chăm lo đào tạo cho 41 nghìn sinh viên, giảng viên của nhà trường.
Dự án Xây dựng Đại học Quốc gia Hà Nội là một dự án siêu lớn về cả diện tích 1.000 ha và tổng giá trị đầu tư là 7.230 tỷ đồng (thời điểm phê duyệt năm 2003), nay cộng thêm 10 - 15.000 tỷ đồng trượt giá. Dự án có ý nghĩa đặc biệt quan trọng, là một đô thị đại học tiên tiến, hiện đại, tiêu biểu cho trí tuệ và văn hóa Việt Nam, là một tổ hợp đa năng, đáp ứng yêu cầu đào tạo con người toàn diện, nghiên cứu chuyển giao công nghệ và dịch vụ, từng bước tiếp cận tiêu chuẩn khu vực và thế giới. Do đó, dự án càng cần được tiến hành với trình độ chuyên nghiệp và chuyên môn cao.
Vì vậy, ngay trong tháng 5.2008, Đại học Quốc gia Hà Nội cần có những buổi làm việc riêng với lãnh đạo các bộ Xây dựng, Kế hoạch - Đầu tư, Tài chính để xây dựng báo cáo trình Chính phủ phê chuẩn phương án chuyển đổi chủ đầu tư Dự án xây dựng Đại học Quốc gia Hà Nội tại Hoà Lạc. Cần có một cơ chế đặc thù cho dự án đặc biệt này. Bộ Kế hoạch - Đầu tư trước 15.5 trình Chính phủ phương án bố trí nguồn vốn riêng cho hai dự án có nguồn vốn lớn là Đại học Quốc gia Hà Nội và Đại học Quốc gia TP.HCM, có thể tính tới hướng sử dụng nguồn vốn vay ODA đã được ADB chấp nhận để xây dựng các trường đại học đẳng cấp quốc tế tại Việt Nam.
Để đẩy nhanh tiến độ dự án, Phó thủ tướng giao Đại học Quốc gia Hà Nội cần tích cực phối hợp với các tỉnh Hà Tây và Hòa Bình tiến hành hoàn tất việc giải phóng mặt bằng, bàn giao đất, cắm mốc, di dân tái định cư cho 480 ha đất đã hoàn thành trước 30.6.2008; trước 15.12.2008 hoàn tất hơn 300 ha đất còn lại. Phó thủ tướng đặc biệt lưu ý phải hoàn thành công việc này đúng thời hạn năm 2008, tuyệt đối không kéo dài sang năm 2009 để tránh nảy sinh tình huống phức tạp và bị ảnh hưởng bởi việc thực hiện mở rộng địa giới hành chính thủ đô.
Về định hướng ngôn ngữ kiến trúc của dự án, Phó thủ tướng gợi ý để phát huy truyền thống của vùng đất ngàn năm văn hiến, tăng thêm tính nhân văn của công trình nên lấy tên các danh nhân văn hóa đặt cho mỗi tòa nhà, khu chức năng, công viên,... trong dự án. Tại mỗi góc nhìn, điểm nhấn của công trình nên có những gợi nhắc về hình ảnh của Văn Miếu - trường đại học đầu tiên của nước ta.
Tất cả những quyết định và gợi ý mang tính lịch sử, mở ra một cách làm mới có triển vọng nhanh hơn, chất lượng và hiệu quả hơn của Phó thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân về Dự án xây dựng Đại học Quốc gia Hà Nội tại Hòa Lạc đã nhận được sự đồng thuận, nhất trí và quyết tâm cao của tất cả các bên liên quan, Ban lãnh đạo Đại học Quốc gia Hà Nội, các Bộ, ngành và hai tỉnh Hòa Bình, Hà Tây.